Die Geschäfte der Hannoverschen Kinderheilanstalt werden vom hauptamtlichen Vorstand geführt. Er wird vom dreiköpfigen Aufsichtsrat der Stiftung für jeweils fünf Jahre bestellt.

Der Aufsichtsrat und der Vorstand der Hannoverschen Kinderheilanstalt werden von einem ehrenamtlichen Kuratorium beraten und überwacht, das aus 15 Personen des öffentlichen Lebens der Stadt Hannover und Umgebung besteht. Zu diesen Personen gehören satzungsgemäß und kraft Amtes Mitglieder des Rates der Stadt Hannover und der Region, die/der Vorsitzende des Vereins der Freunde der Hannoverschen Kinderheilanstalt, die/der Betriebsratsvorsitzende der Hannoverschen Kinderheilanstalt, zwei leitende Ärztinnen/Ärzte aus hannoverschen Krankenhäusern, Persönlichkeiten aus der Wirtschaft und Personen aus anderen gemeinnützigen Organisationen. Das Kuratorium wählt die drei Mitglieder des Aufsichtsrates für jeweils sechs Jahre in ihr Amt.


